计算过程如下：
工程设计收费依据是《工程勘察设计收费管理规定》（计价格【2002】10号），该文件附件《工程设计收费标准》（以下简称《收费标准》）第1.0.1条规定：工程设计收费是指设计人根据发包人的委托，提供编制建筑项目初步设计文件、施工图设计文件、非标准设备设计文件、施工图预算文件、竣工图文件等服务所收取的费用。
根据《收费标准》第7.1条规定，工程项目设计收费应按建筑工程设计收取。
建筑工程主要包括：公共建筑、居住建筑、仓储建筑、古建筑（含仿古建筑及保护性建筑修复）、地下建筑（含附建式人防工程）、室内装修、建筑环境和室外工程，以及智能建筑弱电系统工程等。
一、工程设计收费计费额计算
本工程的部分地下建筑属附建式人防工程，其中包括：甲类六级二等人员掩蔽部10276.87㎡；甲类六级医疗救护站1000㎡；甲类六级物资库21350.32㎡和甲类五级医疗救护防空专业队2178.31㎡。
附建式人防工程是在原有建筑、结构、暖通、电气、给排水等专业设计的基础上进行增量设计的，因此工程设计收费计费额应按人防工程造价增加部分计算。
六级人防工程和五级人防工程造价分别按比原民用建筑平米造价每平米高出200、300、400元和400、600、800元计算投资增加部分（即工程设计计费额）。
1.六级人防和五级人防投资每平米分别增加200元和400元计算
工程设计计费额＝200×(10276.87＋1000＋21350.32)＋400×2178.31＝7396762/10000≈739.68万元
2.六级人防和五级人防投资每平米分别增加300元和600元计算
工程设计计费额＝300×(10276.87＋1000＋21350.32)＋600×2178.31＝11095143/10000≈1109.51万元
3.六级人防和五级人防投资每平米分别增加400元和800元计算
工程设计计费额＝400×(10276.87＋1000＋21350.32)＋800×2178.31＝14793524/10000≈1479.35万元
二、附建式人防工程设计费计算
根据《收费标准》附表二《工程设计收费调整系数表》，建筑、市政、电信工程调整系数为1.0，人防、绿化、广电、工艺工程专业调整系数为1.1。
依据《收费标准》第7.3.1条《建筑、人防工程复杂程度表》，本工程复杂程度等级为Ⅲ级，没有附加调整系数。根据《收费标准》第1.0.9条，其复杂程度调整系数为1.15。
因此
工程基本设计收费＝工程设计收费基价×专业调整系数×工程复杂调整系数×附加调整系数＝工程设计收费基价×1.0×1.15×1.0
工程设计费＝工程基本设计收费×(1±浮动幅度值)( 浮动幅度值暂按零计算)
1.六级人防和五级人防投资每平米分别增加200元和400元计算
工程设计收费基价＝(38.8－20.9)/(1000－500)×(739.68－500)＋20.9＝29.48(万元)
工程设计费＝29.48×1.0×1.15×1.0×(1±0) ＝33.9(万元)
2.六级人防和五级人防投资每平米分别增加300元和600元计算
工程设计收费基价＝(103.8－38.8)/(3000－1000)×(1109.51－1000)＋38.8＝42.36(万元)
工程设计费＝42.36×1.0×1.15×1.0×(1±0) ＝48.71(万元)
3.六级人防和五级人防投资每平米分别增加400元和800元计算
工程设计收费基价＝(103.8－38.8)/(3000－1000)×(1479.35－1000)＋38.8＝54.38(万元)
工程设计费＝54.38×1.0×1.15×1.0×(1±0) ＝62.54(万元)
三、人防工程设计施工图审查收费
根据《关于规范全省建筑工程施工图设计审查收费标准的通知》（豫发改收费【2004】1555号）规定，施工图设计审查收费，“在不超过《工程勘察设计收费管理规定》（计价格【2002】10号）规定的建筑工程收费的6％幅度内，向建设单位收取建筑工程图设计审查费，具体收费额由双方协商确定。”
根据《河南省人民政府关于公布取消停止征收和调整有关收费项目的通知》（豫政【2008】52号）降低标准的经营服务性收费项目规定，建设工程施工图设计审查费由原来工程设计费的6％降为5％。
施工图设计收费＝工程设计费×5%
1.六级人防和五级人防投资每平米分别增加200元和400元计算
施工图设计收费＝工程设计费×5%＝33.9×5%＝1.70(万元)
2.六级人防和五级人防投资每平米分别增加300元和600元计算
施工图设计收费＝工程设计费×5%＝48.71×5%＝2.44万元)
3.六级人防和五级人防投资每平米分别增加400元和800元计算
施工图设计收费＝工程设计费×5%＝62.54×5%＝3.13(万元)
